Shion 1: Geist, những thực thể vô hình được ví như quái vật du hành không gian đến thế giới loài người. Chúng sẽ chiếm lấy cơ thể con người làm vật chủ và điều khiển những hành vi của người đó. Ngoài ra chúng còn có một hình dáng biến đổi khác tùy theo chủng loại đặc tính. Lydia và Shion họ là những búp bê sát thủ không cảm xúc, được phái đến thế giới loài người để tiêu diệt những người bị Geist lây nhiễm. Nhưng trong một cuộc điều tra, Shion được biết Lydia đã bị mất tích tại một ngôi trường, nên cô đã giả làm nữ sinh ở đó để theo dõi và thu thập thông tin về Lydia cũng như những tên Geist quanh đó...